Wie verhalten sich die Art. 45 und 46 BayVwVfG zueinander?

Art. 45 genießt grundsätzlich Vorrang. Wurde dem Verwaltungsakt schon durch Nachholung der unterlassenen Verfahrensschritte seine Rechtswidrigkeit genommen, kommt es auf eine Unbeachtlichkeit der (nun ja nicht mehr existenten) Fehler nicht mehr an.